哲学与科学系是东南大学人文学院学科实力最强的系，在最近的教育部学科排名中居全国第13位，其伦理学学科为江苏省重点学科和“985”重点建设基地。该系创立于1915年，时为南京高等师范学哲学系，如今东南大学哲学与科学系秉承优良的历史传统，是我国培养高水平学术人才的重镇，确立了东大哲学“止于至善”之学统。目前，该系形成了以伦理学和科技哲学为轴心，以马克思主义哲学、外国哲学、中国哲学、宗教学为重点的学科布局。作为国内唯一以“哲学与科学”为系名的哲学系，东大哲学系不仅强调哲学与自然科学之融通，更强调哲学与一切科学之交汇，且通过学科间的交叉融合，追踪理论前沿，关注社会现实。本科生毕业授予哲学学士学位。
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