药学学科2005年被国务院学位办批准为一级学科硕士学位授权点，现设有9个二级学科硕士学位授权点。包括药理学、生药学、药物分析学、药剂学、药物化学、微生物与生化药学、制药工程学、社会发展与管理药学、药物经济学。2010年被批准为一级学科硕士专业学位授权点，下设制药技术、药物分析与检验、临床药学和药事与企业管理4个方向领域。药学专业2011年被评为吉林省“十二五”特色专业，药学院实验教学中心是吉林省实验教学示范中心，药学基础实验室被确定为中央与地方共建实验室。经综合教学改革，形成了具有我校自身特点和优势的中药、化学药和生物制药相结合的教学、科研与应用开发学科群体系，通过加强对学生实践动手能力和创新能力的培养，毕业生就业集中在北京、上海、浙江、江苏及吉林等大中型医药企业事业单位。
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